3 中國果樹新品種保護存在的問題
雖然植物新品種保護工作取得了顯著成效，但作為一種處于發展過程中的新生事物，還存在許多問題；植物新品種保護的能力和水平與農業科技和經濟發展的要求相比存在較大差距，一些制約新品種保護制度的關鍵問題亟待解決；現有的植物新品種保護工作更需進一步加強。
3.1 果樹新品種權益保護意識薄弱
中國的知識產權保護起步較晚，植物新品種權益保護作為一項新知識產權制度在中國也剛剛實施近10 個年頭，而果樹新品種保護在中國起步更晚，廣大科研單位和科研人員對果樹新品種保護的作用沒有充分認識，知識產權意識薄弱，對果樹新品種保護戰略意義缺乏足夠的認識和了解，果樹品種權申請數量少。還有些科研人員不愿申請品種保護存在顧慮，擔心新品種得不到真正的保護或是品種保護后影響科技成果的推廣和申報科技獎勵。
3.2 果樹新品種權益保護的覆蓋面窄，申請保護的樹種構成不合理
中國是世界園林之母，果樹種質資源非常豐富，但是，中國果樹新品種權益保護申請或授權量比較少，截至到2008 年1 月，農業部共受理的果樹品種權申請僅有120 件，授予品種權32 件，從樹種構成來看，樹種分布很不均勻，申請新品種保護的主要是蘋果、梨、葡萄、桃等，其他樹種申請數量較少，甚至是空白。因此，必須擴大果樹新品種保護的覆蓋面，使中國的植種質資源通過品種保護“留住”，而不是“流失”。
3.3 果樹新品種保護受其本身特性的制約，保護工作實施困難
果樹新品種主要通過無性繁殖進行苗木繁育和推廣，只要新品種流失1 根枝條或者1 個芽，就可能造成品種的外流，損害育種者權益。此外，果樹新品種價格偏高，一般新品種價格高于常規品種25%~160%，并且一般可持續10~15 年，這也給果樹新品種保護帶來了困難，中國的果樹生產是分散到各戶的小生產，如果有一個生產者通過正常途徑購得了新品種苗木，周邊的果農就可以通過自繁自育方式獲得新品種苗木進行生產，而育種者根本沒有能力、途徑進行控制和自我保護，況且，果樹品種持續的年限又比較長，維護育種者權益就更難。因此，果樹新品種保護具有自身的特殊困難性。
3.4 果樹新品種侵權現象嚴重
近幾年來，由于果樹新品種的經濟效益極高，越來越得到農民認可，其銷售形勢看好，一些不法商販趁機造假，用普通品種假冒新品種，給農民和育種單位帶來難以彌補的損失，另一方面，這些侵權行為的發生，使國內的果樹新品種權益得不到保護，卻給國外品種趁機涌入提供契機。由于外國的公司可以在中國實行果樹新品種保護，它們生產的果樹苗木同樣可以進入中國市場，在市場競爭之下，本國的品種得不到保護，必然導致外國的品種蜂擁而入，這將給中國的果樹產業帶來巨大的負面影響。此外，苗木繁育公司或個人對果樹品種的命名比較隨意，造成同物異物或同名異物現象，也會損害育種者的利益。
3.5 果樹品種權審查速度緩慢，不適應果樹新品種保護發展的需要
目前，果樹新品種保護制度還沒有正式確立，僅僅是依托在農業植物新品種保護制度中，新品種保護組織管理還沒有理順，品種權初審、實審、復審、無效等程序尚未有效建立和順利運轉，再加上由于資金短缺而造成的品種權審查測試技術支撐體系建設滯后，人員數量和質量不能滿足發展的需要，審查速度難以加快，不利于品種權申請人合法權益及時得到有效的保護的積極性。
3.6 中國果樹新品種保護體系不夠完善
雖然國家已建立了農業部植物新品種保護測試中心和14 個分中心，但多是大田作物、蔬菜、花卉等方面的，至今果樹還沒有一個新品種測試中心，現有的測試多是育種者自己測試或是委托品種權代理人測試，其結果缺乏權威性，難以保證公平和公正。其次，國內與果樹DUS 測試有關的基礎研究比較少，缺乏系統性，影響測試指南的制定。另外，由于資金、人員、技術條件等多方面的因素的限制，已制定的測試指南與中國豐富果樹種類資源相比矛盾突出，非常不利于果樹新品種保護目錄的增加和果樹新品種的申請與授權。再有，目前，國內有資質的植物品種權代理人有65 個，但真正從事果樹科研和生產的代理人很少，遠遠不能滿足新品種代理工作的任務需要。此外，果樹新品種保護體系中最基礎的工作——“果樹DUS的測試指南”的研究與編寫嚴重滯后，目前只編寫了前文所述的9 種樹種，如此現狀，必然制約果樹新品種權益保護工作的發展。值得注意的是，DUS測試中對果樹新品種園藝性狀評價的準確性難以把握，而任何果樹性狀的形成都是由基因型決定的，具體地說，基因的表達、表達產物蛋白的有無以及性狀的類型等都是遺傳物質DNA決定的，如果利用DNA分子標記技術等信息來鑒別品種，將克服傳統測定技術或性狀記載存在的易受環境影響的問題，而體現出具有信息量大、重復性好、靈敏度高、易操作以及能夠在苗期進行早期檢測等特點或優勢，更能增加DUS測試的準確性，也是中國果樹DUS測試有待發展的方向。當然，DUS測試中性狀的記載與測定也具有其重要的一面，這些性狀是賦予新品種的重要前提條件。相比之下，美國在1930 年就出臺了植物專利法，1971 年實施植物新品種保護，1983 年加入UPOV，現實施專利法和植物新品種保護法兩種制度來保護植物新品種。到目前為止，美國還是唯一通過書面材料進行DUS 實質審查的國家，并建立植物性狀審查數據庫，加速了植物新品種審查的進程。