引起育珠蚌發生疾病的原因，既有蚌體自身的因素，也有外界自然環境的因素，更重要的是人為造成的原因引起蚌病。
1.內因——蚌體自身因素的影響
一般多代近親繁殖、未加選育的蚌，抗病力差，容易感染病原體。
( 1 ）不同蚌種對疾病的抵抗力不同 同一水體的三角帆蚌和褶紋冠蚌，前者易暴發各類傳染性疾病，后者則很少感染。如蚌瘟病，只感染三角帆蚌，褶紋冠蚌則有較強的抵抗能力。
( 2 ）不同年齡的蚌對疾病的抵抗力不同一般來說，1-2 齡的三角帆蚌抗病能力較3 齡以上的蚌強得多。在發生病害的水域，幼齡蚌的存活率可達50%-60% ，但成年蚌的存活率往往不足30%。此外，蚌瘟病毒對1 足齡以下的三角帆蚌幾乎不引起發病。
( 3 )體質差的蚌易患病 這里的體質差主要指蚌體瘦弱。同一水體中，體質健壯的蚌，往往不易被病原體侵襲，體質瘦弱的育珠蚌，則容易被病原體侵襲，且死亡率較高。
2 ．外因——水域環境因素的影響
( l ）水質物理因素的影響一般來說，育珠蚌的水溫適應范圍為15-30℃ 。在超過正常適溫范圍時育珠蚌生長發育受阻；水溫過高或溫差變化劇烈時，會使育珠蚌新陳代謝失調。如植珠手術室內暫養池面積較小，其溫度往往與育珠水域相差較大，這可成為導致育珠蚌死亡的原因。
水質發生惡化是引起疾病的主要因子，有pH 值、溶解氧、渾濁度和水體受城市生活廢水、工業污水污染等方面。
pH 值過高（8.5 以上）或過低（6.5 以下）都可能使蚌不適應而死亡；當水體缺氧，溶解氧低于最低忍受力（一般為3mg/L ）時，會影響蚌的正常呼吸而引起窒息死亡。水體受到污染后，有毒、有害物質侵入蚌體內，往往致使蚌中毒死亡。
( 2 ）水體生物因素和影響水中的病毒、細菌、真菌等微生物，以及一些原生動物、環節動物等病原體感染和寄生蚌體，是引起蚌病的主要原因之一。即使不致死，也會影響蚌體健康，造成生長受阻、發育不良等問題。
毒害藻類的影響。在夏季高溫時，水體中的微囊藻等浮游植物往往大量繁殖，在水面形成一層綠色的水花（各地分別稱之為水華、“湖靛”、“銅綠水”）。微囊藻分泌的毒素，或該藻死亡后分解產生的羥胺，與水中硫化氫等有毒物質一起，能使育珠蚌中毒而發生死亡。還有，絲狀藻類的“清泥苔”等往往能堵塞蚌的進、出水口，影響呼吸；絲狀藻還能堵塞育蚌網籠的網孔，影響蚌生長。
3 ．人為因素的影響
( 1 ）操作不當造成機械創傷當育珠蚌的身體受到嚴重或較為嚴重的機械創傷時，會造成直接死亡或受病菌感染而死亡。。一是在捕撈或運輸過程中，由于裝運和洗刷等操作不當，會使育珠蚌壓傷、摔傷或碰傷；二是在育珠手術操作時由于開殼時用力過猛，殼開口過大而損傷閉殼肌，在開口、通道、植片和送核時往往使蚌的軟體部分受損等。
( 2 ）飼養管理不當一是育珠蚌的放養密度過大，或者混養的魚類過多，以致產生供餌不足、嚴重缺氧，為疾病流行創造了條件；二是混養的魚類等水生動物不當，如混養過多的青魚、甲魚、黃顙魚和河蟹等，以致育珠蚌被咬傷或被捕食；三是飼養管理不當，如投餌方法不當、水質調節不及時、吊養水層深度不適宜等，均易產生蚌病或直接造成育珠蚌死亡。