育珠水體不同，浮游生物的組成不同。一般來說，池塘中的浮游生物種類最為齊全，數量也多，湖泊、水庫次之，河流中最少。
1 ．育珠池塘中的浮游生物
池塘是可人工控制的生態系統。池塘的浮游生物可由人工投入各種有機物質和無機化學肥料進行定向培育。但池塘面積小，水體淺，池塘的水溫與氣溫相應的變化較大，而且池塘水質的物理變化和化學變化又較為復雜，如果水質控制失調，往往晝夜之間浮游生物種群可產生千差萬別的變化。對珍珠養殖不利的水質有水華水和老水等。
( 1 ）水華水肥水的池塘中由于某些浮游植物的大量繁殖，以致水色較濃甚至出現藻團、浮膜的現象稱為水華。水華若蔓延全池，往往使整個水面鋪滿該種浮游植物而使其他浮游植物生長受到抑制。出現水華的植物類型屬于鞭毛植物，有8 種，其他浮游植物7 種，共計15種。
l ）隱藻水華：褐綠或褐青色的長條霧狀，也有少數為紅褐色；
2 ）膝口藻水華：褐綠色；
3 ）裸甲藻水華：褐綠色云霧狀或青綠色斑團；
4 ）角甲藻水華：水面呈濃褐色斑塊；
5 ）鞭毛綠藻水華：水面有綠色的浮膜或氣泡膜；
6 ）裸藻水華：水色綠中發紅，水面有時紅時綠的浮膜；
7 ）鞭毛金藻（棕鞭藻、單鞭金藻）水華：水色金褐色、透明度較大，主要在早春時出現；
8 ）綠球藻水華：水色綠或黃綠；
9 ）硅藻水華：水色金褐；
10 ）囊裸藻水華：水色紅褐色或水面漂浮一層鐵銹膜；
11 ）尖頭藻水華：藍綠或黃綠的浮膜；
12 ）魚腥藻或擬魚腥藻水華：水色藍綠或深綠，水面可見翠綠色的絮紗狀或藍綠色浮膜；
13 ）微囊藻水華：俗稱湖淀，水面漂浮著藍綠色的浮膜；
14 ）顫藻或席藻水華：絮狀的藍色團塊或灰藍色的小團粒；
15 ）微型藍球藻水華：水色深綠或褐色。
( 2 ）多火的潭游牛物組成通常說的池塘水質老化，就是水體中優勢浮游生物種群（蚌能攝食的種群）減少，劣勢的浮游生物種群（蚌不能消化或不能攝取的種群）占優勢。引起水質老化的原因如下：水體中營養元素缺乏，氮、磷不足，或微量元素未得到補充；氧氣不足；二氧化碳缺乏，使水中碳酸氫鈣不斷分解釋放出二氧化碳，形成大量的碳酸鈣粉末，肉眼觀察，水色失去鮮綠而隱約發生乳白色；水中pH 值過度變化；代謝產物的積累；水體透明度降低，光照不足等。
防止水質老化的措施是及時追肥，經常灌注新水，定期撒生石灰。防止水華的措施是灌注新水和施用藥物。池塘是珍珠養殖的良好水域，應注意調節水質和加強管理，預防事故發生。
2 ．育珠湖泊的浮游生物
不同類型湖泊的浮游生物組成有所不同，不同季節中的浮游生物組成也不一樣。溫帶地區的湖泊，由于水溫的季節變化，春夏季表層的浮游生物數量高于底層，秋冬季則相反，表、底層的湖水由于水溫的差異引起相對密度的差異而進行垂直對流，使表、底層氣體與物質不斷混合交換。因此，浮游生物有明顯的季節性分布。
( 1 ）春季早春時，底層營養物質慢慢上升，水中營養元素含量首先能滿足硅藻、金藻、黃藻等低氮、低溫植物的需要，使它們大量繁殖；晚春時，由于有機物質逐漸豐富，綠藻、隱藻、甲藻、裸藻逐漸出現。浮游動物早春首先是輪蟲和以幼體形式越冬的橈足類大量繁殖，晚春才逐漸出現枝角類。
( 2 ）夏季初夏時，由于春天繁殖的浮游生物死亡后的解體，水中有機質和氮、磷增加，造成綠藻、隱藻、甲藻、裸藻出現高峰，有時能形成水華。盛夏時節則為藍藻的繁殖高峰，富營養型的湖泊往往出現湖淀。整個夏季由于腐屑和細菌的量增加，造成輪蟲、枝角類的大量繁殖，其生物量有時甚至超過浮游植物。
( 3 ）秋季藍藻類死亡解體后，取而代之的是綠藻、裸藻、隱藻等，晚秋時硅藻、金藻、黃藻等低溫種類又出現高峰，而浮游動物中輪蟲和枝角類也逐漸減少。
( 4 ）冬季冬季僅少數耐寒的浮游生物種群存在。
我國長江中下游的湖泊多數為沖積平原湖泊，屬于河湖，不屬于構造湖，季節變化明顯，水深一般在6m 左右，水溫四季分明，冬季水溫為0-6 ℃ ，4-11 月水溫為13-30℃ ，表、底層溫差小，有風時能使湖水完全循環，湖泊周圍的耕地肥沃，外湖物質流入多，湖中有機物豐富，因此浮游生物的季節變化不顯著，綠藻、裸藻、隱藻多能在全年繁殖，枝角類、輪蟲也只在嚴冬時較少，所以有利于發展珍珠生產。
3 .水庫的浮游生物
由人工筑壩攔截徑流而成的水庫，其浮游生物的特點兼具河流與湖泊的特點，與河流的相同之處是水流沿著一定方向慢慢流動，不同之處是大部分時間水的流動只限于上層，浮游生物特別是浮游動物往往下層多于上層，在山洪暴發的季節里，因水中含泥沙多，枝角類種群相對減少。與湖泊的相同之處是表底層水的交換緩慢，不同之處是水位變化劇烈，大部分營養元素均依賴于外源性沖刷流入。浮游生物種群組成的特點：山谷型水庫，浮游植物以硅藻、甲藻為主．兩者可達浮游植物總量的70%以上，浮游動物中原生動物與枝角類數量少；湖泊型水庫，綠藻、藍藻較多，硅藻次之，浮游動物中輪蟲和枝角類也較豐富。水庫浮游生物的豐歉由下列條件決定。
1 ）凡集雨面積大，庫區周圍植被覆蓋率高，外源物質補充快，浮游生物較豐盛，否則相反。
2 ）凡地形平坦，土質為肥沃壤土，淹沒區大部分為良田或塘堰，水面開闊，陽光充足，浮游生物產量高；凡地形復雜，土質為紅沙土或黃土，淹沒區大部分為貧癮的山地，水面狹窄，水庫周圍高山陡壁，往往光照不足，浮游生物產量就低。
3 ）凡庫容量大，水位穩定，水的交換量小，不溢洪或溢洪次數很少，浮游生物產量就高，否則相反。
4 ，河流的浮游生物
河流浮游生物的特點是適應水的流動性，河流的營養鹽類全靠外源性的陸地沖刷流入，由于水的流動性促進了整個生活環境的更新，不僅水團，而且整個水底土壤都經常更新。浮游生物有下列特點。
1 ）浮游植物較浮游動物占優勢，因為河水流動，浮游植物營養元素易得到補充，而流水不利于浮游動物的生活，河流中浮游植物與浮游動物比例可達到5：1 甚至10：1 。
2 ）浮游植物中以對氮要求較低的硅藻為主，占全部浮游植物的70%-80%。
3 ）輪蟲的種類與數量超過枝角類與橈足類，這是因為河水中含泥沙多，容易阻塞枝角類的濾器，橈足類在流水中不易交配生殖。
河流浮游生物的分布，通常以流速較小的中下游以及沿岸帶為多。這類水域基本不適于珍珠養殖。