中國農業科學院農業資源與農業區劃研究所于2003年5月由中國農業科學院土壤肥料研究所（成立于1957年8月）與農業自然資源和農業區劃研究所（成立于1979年2月）整合組建而成。是以土壤肥料、農業資源利用和區域發展為主導的國家級公益性綜合研究機構。

截止2012年4月，全所在職職工309人，其中高級職稱研究人員138人，研究人員中59%具有博士學位，研究生導師92名。

作為國家級農業資源與環境研究中心，研究所以服務于國家經濟建設、農業發展和農民增收為主要目標，以承擔國家、國際合作研究項目，為本領域培養人才為主要任務，面向全國研究探索農業資源環境領域中的理論與方法、農業發展戰略、區域布局與結構調整、農業生產實用技術等問題，培養農業高級人才。

根據國家戰略需求與學科發展規劃，研究所圍繞植物營養與肥料、農業遙感、區域農業發展與生態環境建設、現代土壤學和農業微生物資源與利用5大重點學科領域，組建了5支院級科技創新團隊。為促進院級創新團隊健康成長與可持續發展，在院級創新團隊內依據優勢研究方向，組建了植物營養、肥料、農業遙感、土壤、農業微生物、農業水資源、現代耕作制、農業生態與環境、草地科學、農業資源管理、農業區域發展、食用菌和農情信息等13個所級學科團隊（研究室）。

研究所現有1個國家工程實驗室（耕地培育技術國家工程實驗室），4個農業部重點開放實驗室（“植物營養與肥料[綜合]”、“農業信息技術[綜合]”、“面源污染控制【專業】”和“農業微生物資源收集與保藏【專業】”重點開放實驗室），設有“國家化肥質量監督檢驗中心”、“農業部微生物肥料和食用菌菌種質量監督檢驗測試中心”和“中國農業微生物菌種保藏管理中心”，建有實驗站（基地）9個、試驗協作網3個，是國家發改委甲級農業工程咨詢資質單位，全國農業資源區劃資料庫管理單位，全國農業資源信息中心和國土資源農業利用研究中心的依托單位，也是國家遙感中心農業應用部、農業部遙感應用中心研究部、中國農業科學院農業知識產權中心、中國植物營養與肥料學會和中國農業資源與區劃學會的掛靠單位。研究所編輯出版《植物營養與肥料學報》、《中國土壤與肥料》、《中國農業資源與區劃》、《中國農業信息》和《農業科研經濟管理》等學術刊物。