北京農業生物技術研究中心于1998年9月成立，依托于北京市農林科學院，是北京市科委高技術重點實驗室之一。

本單位實行“開放、流動、聯合、競爭”的運行機制，科研人員實行全員聘任制。建立固定與流動崗位相結合，按需設崗，按崗付酬，雙向選擇，競爭上崗，全員逐級聘任的新型人事制度。它是面向國內外的開放型科研單位。

在專業研究和開發方面相對獨立，經濟上單獨列帳，北京市農林科學院提供行政（人事）、后勤（水、電、維修和住房等）等保障。設有流動研究人員公寓。

本單位匯聚了分子生物學、細胞生物學、生物化學、遺傳育種學、微生物學等學科的研究人員。現有固定職工32名。其中高級研究人員12名（研究員4名，副研究員8名），占總人數的1/3。國家有突出貢獻專家1人，博士學位者13人。24人直接參與各類研究工作。

現有博士生導師2名，碩士生導師8名，1個博士點，3個碩士點，一個博士后流動站。1998年-2004年中心培養博士研究生10人，碩士研究生30人。現有10名博士生、22名碩士生在中心作研究論文工作。

在1998年-2004年期間承擔國家高技術發展計劃（863計劃）、國家轉基因植物專項、科技部973計劃、國家自然科學基金、科技部國際合作項目、北京市科技合同項目、北京市自然科學基金等研究課題81項。

目前，生物中心下設6個課題組，在中心的研究目標總框架下，確定各課題組的主要研究方向。各課題組之間在研究方向和課題方面相對獨立，但又互有交叉和聯系，便于重大項目的協作和攻關。現設有農作物轉基因分子育種課題組、功能基因組學課題組、園林分子生物學課題組、花卉育種與基因資源研究課題組和微生物技術課題組。