腸呼吸是泥鰍特有的生理現象。泥鰍的腸壁薄而血管豐富，具有輔助呼吸進行氣體交換的功能，當水溫上升或水中缺氧時，泥鰍垂直游竄到水面吞吸空氣，下沉時會發出身體拍擊水面的響聲。吞吸的空氣在腸管中進行氣體交換，吸收氧氣，多余的廢氣及腸中所產生的二氧化碳則由肛門排出體外。有試驗證明：在水溫 24 . 5 ℃ 時，泥鰍幼魚的窒息點為 0 . 48 毫克／升，成魚的窒息點為 0 . 24 毫克/升。比青魚、草魚、鰱、鯽等 ( 0 . 58 一 0 . 99 毫克/升)要低，僅比鳙（ 0 . 23 毫克/升）高。因此，泥鰍耐低氧能力遠勝于其他養殖魚類，既適合于高密度養殖，有很大增產潛力，又可在運輸時不易因缺氧而死亡。由于皮膚和腸都能進行呼吸，所以，泥鰍的呼吸沒有比較穩定的頻率，鰓蓋的啟閉，快時難以數清其活動次數，慢時每分鐘只有數次，甚至可以停止 1 一 2 分鐘。曾有試驗：在干燥的玻璃缸中，放全長 4 一 5 厘米的泥鰍（當年幼魚）存活 1 小時，放全長 12 厘米的成鰍存活 6 小時，將它們再放回水中時仍能活動正常。