豬球蟲病與仔豬黃痢癥狀非常相似，非常容易混淆，為了準確診斷這兩種病癥，避免診斷錯誤，現將這兩種病的鑒別診斷技術作簡單介紹。
1、豬球蟲病
本病主要發生于小豬，且多發于7～11日齡的乳豬，但是斷奶仔豬也會發生，成年豬為帶蟲者。各種研究表明哺乳仔豬并不是攝入母豬糞便中的球蟲卵囊而感染，目前還不知道等孢球蟲是如何在豬場中傳染。由于球蟲卵囊發育需要較高的溫度，因此本病多發于春末和高溫潮濕的夏季，特別天氣炎熱時，母豬戲水把產床弄濕后容易引起哺乳仔豬發生該病。大多數情況下哺乳仔豬發病無季節性。
2、仔豬黃痢
主要在生后數小時至5日齡以內仔豬發病，以1-3日齡最為多見，一周以上的仔豬很少發病，育肥豬、肥豬、成年公母豬不見發病。以第一胎母豬所產仔豬發病率最高，死亡率也高，可高達100％。環境衛生不好的，可能多發；環境衛生良好的也常有發生。因此，有人認為，母豬攜帶致病性大腸桿菌是發生本病的重要因素。
從臨床癥狀上鑒別診斷
1、豬球蟲病
本病的臨床癥狀多出現在7～11日齡的健康乳豬中，有報道說豬等孢球蟲引起了5～6周齡斷奶仔豬的腹瀉，腹瀉出現在斷奶后4～7天時，發病率很高（80%～90%），但死亡率都極低。腹瀉是本病主要的臨床癥狀，糞便呈黃色到灰色。開始時糞便松軟沿肛門下流或呈糊狀，隨著病情加重糞便呈液狀。仔豬粘滿液狀糞便，使其看起來很潮濕，并且會發出fb乳汁樣的酸臭味。一般情況下，仔豬會繼續吃奶，但被毛粗亂，脫水，消瘦，增重緩慢。不同窩的仔豬癥狀的嚴重程度往往不同，即使同窩仔豬不同個體受影響的程度也不盡相同。本病發病率通常很高，但死亡率一般較低。
2、仔豬黃痢
臨床癥狀最急性的，看不到明顯癥狀，于生后１０多小時突然死亡，呈急性敗血癥死亡。生后２－３天以上發病的仔豬，病程稍長，排黃色或黃白色稀糞，有特殊的腥臭味，含有凝乳小片，肛門松弛，捕捉時從肛六冒出稀糞。病豬精神不振，不吃奶，很快消瘦、脫水，最后衰竭而死。
從病理變化上鑒別
1、豬球蟲病
仔豬球蟲病特征性大體病變是空腸和回腸粘膜出現纖維素性壞死，腸絨毛萎縮和脫落，但只有在嚴重感染的仔豬中出現。
2、仔豬黃痢
主要病變為急性腸炎和敗血癥。頸部、腹部皮下常有水腫，腸內有多量黃色液狀內容物和氣體，腸粘膜有急性卡他性炎癥，腸腔擴張，腸壁很薄，腸粘膜呈紅色，病變以十二指腸黏膜病變最為嚴重，空腸和回腸次之，結腸較輕。腸系膜淋巴結有彌漫性小出血點。肝呈紫紅色和紅黃相間紋樣色調。腎色淡，表面有數量不等針尖大的出血點。心臟擴張，心房、心室充滿凝血塊，心冠部有少量出血點，肺明顯水腫。外觀尸體嚴重脫水，干瘦，黏膜蒼白發紺，肛門及腹部周圍有黃白色稀糞污染。
總的來說，要注意一些豬球蟲病和仔豬黃痢的鑒別診斷要點：球蟲病使豬感染發病的日齡是7～15日齡之間，5日齡前一般不會發病，大多數在2周后拉稀現象消失，而仔豬黃痢主要使出生7日齡內的仔豬感染發病；球蟲病用抗菌藥無效，而仔豬黃痢應用抗菌藥有效；豬球蟲病死亡率低，而仔豬黃痢死亡率很高；球蟲病用抗菌藥無效，而仔豬黃痢應用抗菌藥有效；球蟲病一旦出現一窩豬發病，等下一窩豬到7日齡馬上也發病，接下來整棟圈的哺乳仔豬一到7日齡很難幸免不發病，而仔豬黃痢出現整棟圈發病較少見。