1 消除日糧中抗營養因子
1.1 消除麥類日糧中可溶性非淀粉多糖產生的粘性 在麥類飼料中非淀粉多糖(Non-starch polysaccharide，NSP)的含量較高，尤其是其中的可溶性非淀粉多糖(Solublenon-starch polysaccharide，SNSP)部分具有較強的抗營養作用，主要為葡聚糖和阿拉伯木聚糖。
    SNSP本身的結構特點決定了其具有溶于水后產生粘性和持水力強等特性，這也正是SNSP產生抗營養作用的主要原因(White等，1981；Bedford等，1991),畜禽采食麥類日糧會導致小腸食糜粘性增加，胃腸運動和機械混合能力降低，從而阻礙消化酶與底物之間的相互結合及可吸收營養物質向腸壁的擴散，養分的消化與吸收也隨之降低。
1.2 破壞植物細胞壁 植物細胞壁主要由纖維素、半纖維素和果膠等非淀粉多糖組成，也含有少量蛋白質、酚類和脂肪酸等物質。這些物質通過氫鍵或共價鍵相互交聯結合共同構成細胞壁結構，支持和保護細胞內容物。其中，纖維素主要形成細胞壁框架結構，而以阿拉伯木聚糖和R-葡聚糖為主的半纖維素及果膠等基質多糖，將纖維素骨架包圍起來，起填充和連接作用。單胃動物消化道內不能分泌分解NSP的消化酶，一部分被包裹在其中養分不能被消化利用。
1.3 消除α - 半乳糖苷的抗營養作用 豆科植物的籽實中α -半乳糖苷類低聚糖含量最高，菜籽粕中的含量居中。α-半乳糖苷具有降低日糧代謝能值，引起畜禽腸胃脹氣等多種抗營養作用。在畜禽日糧中添加α-半乳糖苷酶則能夠水解α-半乳糖苷，提高畜禽生產性能。
1.4 消除蛋白類抗營養因子 在植物性飼料中廣泛地分布著多種蛋白類抗營養因子，如胰蛋白酶抑制劑和植物凝集素等。這些抗營養因子不能夠被內源蛋白酶所水解破壞，并產生抗營養作用。楊麗杰等(2000)報道，5種微生物的蛋白酶在適宜的溫度和pH條件下，均能夠不同程度地水解大豆中的蛋白酶抑制因子和凝集素，使其失活。這說明在飼用酶中的蛋白酶不僅能夠提高飼料蛋白質的消化率，而且能降解蛋白類營養因子。
1.5 消除植酸的抗營養作用 植物性飼料中植酸不僅影響畜禽對日糧中磷的利用，還影響蛋白、氨基酸及其它礦物質元素的利用，并能夠對畜禽消化道中淀粉酶和蛋白酶產生抑制作用。植酸酶可從肌醇6位上的碳原子開始水解磷酸酯鍵，使磷以磷酸根的形式釋放出來。大量的試驗證明，在畜禽日糧中添加的植酸酶可提高日糧磷的利用率，減少日糧中無機磷添加量和糞便中磷的排泄量。與此同時，植酸酶還消除植酸與蛋白質以及2價金屬離子的鰲合作用，提高蛋白質(Kemme等，1999)和部分微量元素(Sebastian等，1996)的利用率。
2 優化畜禽消化道微生物菌群，保護腸道功能
    SNSP抗營養作用降低了畜禽對麥類日糧養分的利用，這些未被吸收利用的養分為消化道內微生物繁殖提供有利條件，導致消化道內微生物過度繁殖，影響畜禽的生長和健康。在日糧中添加飼用酶則有利于限制消化道內微生物過度繁殖，增加有益菌群的數量，調節腸道微生態平衡，防止腸道粘膜萎縮和支持腸粘膜屏障功能，維持維生素供應和促進礦物質的吸收，保護肝臟等都具有十分重要的作用。功能性低聚糖因其具有較高的穩定性，而難以被人和動物消化道的酶系分解。因此，功能性低聚糖可以直達大腸，被雙歧桿菌等有益菌利用，促進這些有益菌增殖，而不能被有害菌所利用。這種選擇性增殖作用不僅使得腸道菌群得到優化，而且使腸道微環境得到改善。
3 提高畜禽免疫機能
    許多試驗研究結果表明，日糧中添加酶制劑可降低畜禽死亡率，酶對畜禽免疫機能的影響機理仍需進一步研究。推測可能是通過降解產物低聚糖起作用。功能性低聚糖可以被雙歧桿菌發酵利用而產生某些抗菌素，這些抗菌素能有效抑制有害細菌的生長代謝，減少其產生的有毒物質對機體的損傷。此外，由低聚糖增殖產生的雙歧桿菌，可以協同其它腸道菌群促進腸道蠕動，通過競爭腸道營養和腸上皮表面的α附位點，減少致病菌的附著機會。采用低聚異麥芽糖和低聚果糖飼喂羅非魚的試驗發現，羅非魚血清中的補體和溶菌酶含量顯著增加。