2.2 以檢測DNA 為基礎的方法
    以DNA為基礎的檢測技術主要有核酸探針雜交、DNA指紋分析、PCR-RELP分析、PCR特異擴增(常規PCR方法和Real-timePCR方法)。主要原理都是對各種物種內特異的核酸序列進行提取、鑒定，從而判定飼料內有無該物種的成分。其中PCR特異擴增方法由于其簡單、快速、特異性強的特點，成為目前最廣泛應用的方法，特別是熒光PCR的應用使得檢測的特異性和敏感性更高。我國也于2008年4月1日頒布實施了應用PCR方法定性檢測動物源性飼料中動物成分的標準，包括駱駝源性成分、狗源性成分、哺乳動物源性成分、豬源性成分、兔源性成分、鹿源性成分和馬、驢源性成分的PCR定性檢測，為進一步規范和監督動物源性飼料的安全使用提供技術支持。
    Cawthraw等(2009)應用實時PCR測定動物飼料中禁用的哺乳類及禽類成分，飼料中含有1%的肉骨粉時檢測其中的16SrRNA可以進行鑒別。用mtATP6作為靶序列，應用PCR探針技術檢測飼料中的豬源成分，以PPA8和PPA6作為檢測DNA，檢出限可以分別達到0.01%和0.001%，這種方法已經在日本的飼料檢測中應用(Shinoda等，2008；Yoshida等，2009)。
2.3 微生物的檢測
    飼料中污染微生物的危害主要產生在以下四個方面，一是含有致病性微生物如沙門氏菌、志賀氏菌、致病性大腸桿菌等而使動物產生疾病；二是微生物的繁殖使某些營養成分如脂肪、動物蛋白產生腐敗作用；三是非致病性微生物寄生于飼料中，消耗飼料中的養分，使飼料營養價值下降；四是某些微生物會產生毒素如黃曲霉毒素、赭曲霉毒素、肉毒毒素、金黃色葡萄球菌腸毒素等，動物食用含有這些毒素的飼料后會產生危害。目前微生物的檢測技術發展很快，利用了包括微生物學、分子化學、生物化學、生物物理、免疫學和血清學等領域的知識，其目的是建立可用于微生物計數、早期診斷、鑒定等方面的快速檢測技術。除常規的平板培養外，目前已有商品化的基因探針試劑盒，如GENE-TRAKSystemsDNA雜交篩選法(AOAC方法：987.10，990.13)。李斯特氏菌、沙門氏菌、彎曲桿菌等均有DNA探針的試劑盒。目前，已經有了全自動化的PCR檢測試劑盒及儀器，如美國杜邦快立康公司的BAX病原菌檢測系統。可用于檢測沙門氏菌、大腸桿菌O157:H7等致病菌。熒光酶免疫分析篩選方法是在EIA基礎上加入熒光標記的酶底物，用熒光計檢測熒光度值來判斷結果。如沙門氏菌熒光酶免疫分析研究篩選方法是基于EIA測定沙門氏菌抗原。沙門氏菌多克隆免疫色度分析篩選方法已有許多試劑盒，由澳大利亞BioenterrisesPtyLtd和美國BioControlSystems，Inc研制的多克隆免疫試劑盒，都已獲AOAC認可。Koyuncu等(2010)建立了以PCR為基礎的商業化沙門氏菌enterica檢測，當每25g飼料中含有1個沙門氏菌enterica時的檢測結果與培養法相近，該方法與平板培養的靈敏度及專屬性基本一致。但也會有一些PCR檢測陽性的飼料中并不能分離出沙門氏菌，因此PCR方法目前還不能完全替代平板培養法，但可以用來進行流行病學調查研究的方法。

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