（二）存在問題
1、食品安全保障體系不夠完善
食品安全事件時有發生，消費者對食品安全仍較擔心。目前，我國食品質量標準體系尚不完善，食品衛生標準、食品質量標準、農產品質量安全標準和農藥殘留標準等標準體系有待進一步整合，不同行業間制定的標準在技術內容上存在交叉矛盾。技術保障能力尚難以滿足食品安全監管需要，檢測技術相對落后，儀器設備配置不足，部分檢驗設備嚴重老化；基層檢驗機構和人員數量偏少，檢測能力亟需加強；食品安全監管機制還不夠健全，食品安全責任追溯制度尚不完善。一些企業主體責任不落實，自律意識不強，誠信缺失。
2、自主創新能力仍較薄弱
我國食品科技研發投入不足，2010年我國食品科技投入強度約為 0.4%，不僅低于發達國家 2%以上的水平，也低于新興工業化國家 1.5%的水平。食品科技創新基礎薄弱，產學研用結合不緊密，缺乏工程技術中心、工程實驗室等創新平臺，國家重點實驗室建設有待加強，缺少具有自主知識產權和國際先進水平的重大成果，創新能力不強。食品裝備問題突出：一是自主知識產權核心技術缺乏，產品競爭能力弱，大型無菌冷灌裝、肉制品加工關鍵裝備、柑橘汁加工關鍵裝備、高效分離裝備、大型乳品生產線、食品品質在線監測以及食品分析與檢測裝備等長期依賴進口。二是國產裝備普遍存在能耗較高、可靠性和安全性不足、衛生保障性差、自動化程度低、關鍵零部件使用壽命短、成套性差等問題。三是標準化程度低、覆蓋面小、標準類型不配套，標準覆蓋率僅為 20%。
3、食品產業鏈建設尚需加強
食品工業與上、下游產業鏈銜接不夠緊密，食品產業鏈的有效銜接不足，原料保障、食品加工、產品營銷存在一定程度的脫節。絕大多數食品加工企業缺乏配套的原料生產基地，原料生產與加工需求不適應，價格和質量不穩定。我國小麥產量居世界首位，但優質專用品種數量不足，每年仍需進口部分優質專用小麥；我國柑橘產量的 95%適宜鮮食，適合加工橙汁的柑橘品種和產量少，95%的橙汁依靠進口。多數食品加工企業缺乏必要的倉儲和物流設施，原料供應保障程度低，資源浪費嚴重，抗風險能力弱。
4、產業發展方式仍然較為粗放
以數量擴張為主的粗放型發展方式仍然未得到改變。不少企業特別是部分中小企業生產粗放，初級產品多，資源加工轉化效率低，綜合利用水平不高。部分企業工藝技術水平低，循環經濟和清潔生產發展滯后，能耗物耗高，污染比較嚴重。我國玉米淀粉行業原料利用率僅為 95%，低于國際先進水平約 4個百分點。我國干制食品噸產品耗電量是發達國家的 2-3倍，甜菜糖噸耗水量是發達國家5-10倍，罐頭食品噸耗水量為日本的 3倍；發酵工業的廢水排放量占全國總量的 2.3%，是輕工業重點污染行業之一。
5、企業組織結構亟需優化
企業組織結構不合理，兼并重組力度不夠，大中型企業偏少，規模化、集約化水平低，“小、散、低”的格局沒有得到根本改變，小、微型企業和小作坊仍然占全行業的 93%。部分行業生產能力過快增長，導致產能嚴重過剩，稻谷、小麥、大豆油脂、肉類屠宰及加工、乳制品等企業產能利用率分別僅為 44%、63%、42%、33%和50%左右。與此同時，落后產能仍然占有較大比重，日處理稻谷 100噸以下、小麥 200噸以下、大豆 400噸以下、生鮮乳 100噸以下規模不合理的小型企業產能在行業中的占比分別為 25%、24%、15%和25%。