（二）推進產業結構調整
完善企業組織結構。支持骨干企業做強、中型企業做大、小型企業做精，規范小企業、小作坊經營，形成以大型骨干企業為龍頭、中型企業為支撐、小（微）型企業為基礎的共同發展新格局。堅持市場化運作，完善配套政策，消除制度障礙，引導和推動優勢企業實施強強聯合、跨地區兼并重組，提高產業集中度。
培育新興食品產業。積極適應食品消費需求結構轉型升級的新要求，培育新的食品經濟增長點，加快推動傳統主食品工業化，培育壯大方便食品、功能食品等產業，增強品牌企業實力，造就一批具有國際競爭力的新興食品工業企業群體。
淘汰落后產能。建立健全產業退出機制，明確淘汰要求，量化淘汰指標和規模，分年度逐級分解落實到各地和具體企業。重點在糧食加工、肉類屠宰加工、發酵、釀酒、乳制品等產能嚴重過剩領域，依法淘汰一批技術裝備落后、資源能源消耗高、環保不達標的落后產能。嚴格按照《產業結構調整指導目錄（2011年本）》要求，淘汰生產能力 12000瓶/時以下的玻璃瓶啤酒灌裝生產線，150瓶/分鐘以下（瓶容在 250毫升及以下）的碳酸飲料生產線，日處理原料乳能力（兩班）20噸以下濃縮、噴霧干燥等設施，200千克/小時以下的手動及半自動液體乳灌裝設備，3萬噸/年以下酒精生產線（廢糖蜜制酒精除外），3萬噸/年以下味精生產裝置，2萬噸/年及以下檸檬酸生產裝置和年處理 10萬噸以下、總干物收率 97%以下的濕法玉米淀粉生產線等。
（三）增強自主創新能力
完善自主創新機制。探索多種形式的產學研用聯合創新機制，建立以企業為應用主體、科研院所和大專院校為技術依托的創新戰略聯盟，逐步解決大企業技術和市場需求與大專院校和科研院所的技術研發脫節、中小企業缺乏科技支撐的問題，促進科技與產業的有機銜接。完善以企業投入為主體的多渠道、多元化投融資體系，增加食品科技領域的投入。建立基礎理論研究、重大共性關鍵技術研發、產業化開發相融合的投資格局。
加快建設科技創新與服務平臺。充分利用現有國家重點實驗室，整合資源，提高基礎研究能力；健全以國家工程實驗室、國家工程（技術）研究中心為龍頭、以國家農產品加工技術研發中心和分中心為基礎的工程化研究和應用體系，提高工程化研究和成果轉化能力。加強科技資源共享，國家級各類實驗室全面向社會開放，提供科學技術研究、儀器設備使用、人才培養等服務。
大力培養創新型人才。營造有利環境，依托食品領域的國家重大項目、重大工程和重點科研基地，培養領軍人才，積極引進海外高素質創新創業人才，造就一批具有國際水平的食品科技創新團隊。鼓勵高等院校加強基礎教育，強化實踐能力，培養創新思維，夯實創新人才基礎。
推進關鍵技術自主創新與產業化。以中國傳統食品工業化自主創新為重點，加強食品原料質量控制、食品品質與營養、有害物遷移規律等基礎研究，支持食品物性修飾技術等前沿技術研究，推進食品非熱加工技術等關鍵技術研究，努力突破大宗食用農產品、特色傳統食品加工等工業化、現代化重大關鍵技術。
“十二五”時期食品工業科技發展重點
| 重點領域 | 主要內容 |
| 基礎研究 | 積極開展食品結構與功能的關系研究，加強食品品質形成及變化規律，食品營養與健康，有害物形成、遷移及控制，食用農產品產后生理生化機制等重大基礎理論研究。 |
| 前沿技術研究 | 支持食品物性修飾技術、食品生物技術、非熱殺菌技術、新型食品制造技術、食品質量與安全干預技術、現代冷鏈與物流技術等前沿技術研究。 |
| 共性關鍵技術研究 | 重點攻克適應工業化生產的信息技術、生物工程技術、新型分離技術、現代包裝技術、計算機視覺技術、物聯網技術、節能干燥技術、清潔生產技術等共性關鍵技術。 |
| 傳統食品工業化關鍵技術研究 | 開展傳統米面制品、雜糧、中餐菜肴、豆制品、肉制品、水產制品等風味保持技術、貨架期延長技術、工藝流程標準化等研究和專用設備研發。 |
| 食品質量與安全關鍵技術研究 | 重點開展食品安全干預技術、食品真偽鑒別技術、食品追蹤與溯源技術、食品加工質量標準、在線檢測及相關設備研發，實現食品加工和質量檢驗檢測標準化、智能化、方便化、快速化和系統化。 |